养殖废水中含有大量污染物，重金属、残留的兽药和大量的病原体等，规模化的养殖厂每天排放的废水量大且集中，因此如不经过处理就排放于环境或直接农用，将会造成生态环境和农田的严重污染。
（1）对水体的污染
养殖业废水富含大量病原体的高浓度有机废水，直接排放进入水体或受雨水冲洗进入水体，会造成造成地表水或地下水水质的恶化。由于畜禽粪尿的淋溶性很强，其中含有的氮、磷及水溶性有机物等淋溶量很大，如不妥善处理，就会通过地表径流进入地下水层污染地下水。对地表水的影响则主要表现为，大量有机物质进入水体后，有机物的分解消耗水中的溶解氧，导致水体发臭；水体中的溶解氧下降，有机物继续分解，分解中将产生有毒气体，导致水生生物大量死亡；废水中的悬浮物可使水体浑浊，降低水中藻类的光合作用，限制水生生物的正常活动，使水生生物逐渐死亡，从而进一步加剧水体底部缺氧，使水体同化能力降低；氮、磷可使水体富营养化，硝酸盐和亚硝酸盐浓度过高，人畜若长期饮用会引起中毒，有毒藻类排放大量毒素，导致水生动物的大量死亡，从而严重地破坏了水体生态平衡；粪尿中的一些病菌、病毒等随水流动可能导致某些流行病的传播。
（2）对农作物的影响
畜禽养殖废水中含有氮、磷、钾，如果能做到合理施用可以提高土壤肥力，促进农作物生长，但是未经处理就直接施用，则会影响后续作物生产，随着有机物的不断累积，为一些生物、细菌、真菌提供了生存的环境，但也导致了病虫害的发生，大量有机物的积累会使土壤呈强还原性，不仅会影响作物的根系生长，而且使土壤中有害物质得到释放，大量无机盐在土壤的积聚引起作物的盐害。
（3）矿物元素和重金属污染
因为畜禽饲料中的植物磷不能被动物吸收排出体外，引起污染。养殖厂通常会采用微量元素添加剂，这些元素的吸收率和利用率都很低，一般都排出体外进入环境。
（4）残留兽药的污染
在畜禽养殖过程中，会加入一些抗菌素等药物，这些药物进入消化道后，会在动物血液进行短期循环，而大多数药物会随尿液排出体外，药物进入环境后，从而直接破坏生态平衡并威胁人类的身体健康。
（5）微生物污染
畜禽体内的微生物主要通过消化道排出体外，通过养殖厂废物的排放进入环境从而造成严重的微生物污染，如果不对这些粪便进行无害化处理，有害病菌一旦进入环境，不仅会威胁畜禽自身生存，还会严重危害人体健康。
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