无菌洁净室不宜设在底层，防潮、防霉、采光好，远离交通干道，厕所及污染区，面积不超过10㎡，高度不超过2.4m，由两个缓冲间、操作间组成。
操作间缓冲间之间应有样品传递窗，出入操作间和缓冲间的门不应直对，操作间不得安装下水道。
无菌室内应六面光滑平整，无缝隙，不起灰，不落尘，耐腐蚀，易清洗，墙壁与地面、墙壁与天花板连接处应呈凹弧形。无菌室内的照明灯应嵌装在天花板内，采光面积要大，光照应分布均匀，光照度不低于300勒克斯。
缓冲间和操作间应装有紫外线杀菌灯(2-25w/m3)用于空气消毒。紫外线波长200-300nm者具有杀菌作用，其中以265-266nm杀菌作用最强，这与DNA的吸收光谱范围一致，其杀菌机理可能是在细菌细胞DNA中引起胸腺嘧啶双聚体形成，从而干扰细菌细胞DNA复制，导致细菌变异死亡。紫外线杀菌灯1m以内距离杀菌效果最佳，每次开灯照射时间为30min。应定期检查紫外线灯辐射强度，不得低于70μW·cm-21m距离。其缺点是穿透力弱，一张纸板可以阻碍光的透过，不能穿透固体物，故只能用作表面消毒及一些不耐热或化学消毒剂物品的消毒。
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