根据所测定的项目不同，采集水样所用的容器一般为硼硅玻璃瓶或聚乙烯瓶。水样的保存方法应根据不同的分析内容加以确定。
（1）充满容器或单独采样。采样时使样品充满取样瓶，样品上方没有空隙，减少运输过程中水样的晃动。有时对某些特殊项目需要单独定容采样保存，比如测定悬浮物时定容采样保存，然后可以将全部样品用于分析，防止样品分层或吸附在取样瓶壁上而影响测定结果。
（2）冷藏或冷冻。水样通常应在4℃冷藏，有时也可将水样迅速冷冻，储存在暗处。其作用是阻止生物活动、减少物理挥发作用和降低化学反应速度。比如测定电导、CODcr、BOD5、氨氮、硝酸盐氮、亚硝酸盐氮、磷酸盐、硫酸盐及微生物项目时，都可以使用冷藏法保存。但在冷冻过程中，溶质会逐渐向中心溶液富集，最后集中于中心冷冻处，产生分层作用，而且在冷冻时有可能使生物细胞破裂，导致生物体内的化学成分进入水溶液，改变水样的成分，因此尽可能不使用冷冻的方法保存水样。
（3）化学保护。向水样中投加某些化学药剂，使其中待测成分性质稳定或固定，可以确保分析的准确性。但要注意加入的保护剂不能干扰以后的测定，同时应做相应的空白试验，对测定结果进行校正，如果加人的保护剂是液体，则必须记录由此而来的水样体积的变化。
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